Il conflitto tra i conigli del giardino e il nipote del signor McGregor, loro acerrimo nemico, sembra ormai ricomposto. Il nipote, Thomas, sta per sposare Bea, amica degli animali e autrice del libro che ne racconta le avventure. Mentre tutti cercano di adattarsi al meglio alla nuova famiglia allargata, un editore di Londra propone a Bea di pubblicare ed espandere la serie di libri in una direzione più commerciale, con Peter Rabbit sempre più nel ruolo della “mela marcia”. Ma Peter è stanco di vedersi dipingere come cattivo, e per ribellarsi si mette in combutta con il coniglio Barnabas, un ladro di città.